Những tính năng chính của Filezilla là:

• Site manager: Cho phép người sử dụng có thể tạo một danh sách các trang FTP cùng với các dữ liệu kết nối, như cổng sử dụng, giao thức, tài khoản đăng nhập, mật khẩu đăng nhập,...
• Message log: Phía trên của cửa sổ. Hiển thị thông tin của phiên kết nối, các lệnh của trình khách và hồi đáp của trình chủ.
• File and folder view: Hiển thị phía dưới message log, cung cấp một giao diện đồ họa cho FTP. Người dùng có thể quản lý(tải lên, tải xuống) bằng thao tác kéo thả trực quan.
• Transfer queue: Phía dưới cùng của cửa sổ, cho biết trạng thái của các quá trình, trạng thái của các tệp trong hàng đợi.

Từ phiên bản 2.2.23, FileZilla sử dụng Unicode. Kết quả là nó không còn chạy trên Windows 9x/ME nữa.

Phiên bản hiện tại của FileZilla cho Mac OS X không còn hỗ trợ Mac OS X v10.4 ‘Tiger’ và các bản trước đó. Running FileZilla with versions older than Mac OS X v10.5 ‘Leopard’ requires compilation.[3]